缔约方大会：

缔约方大会依照公约第19条成立，是《斯德哥尔摩公约》的管理和决策机构，由批准、接受或加入《斯德哥尔摩公约》的各缔约方政府组成。缔约方大会通过历次会议通过的决议来推动《斯哥尔摩公约》的实施。

《斯德哥尔摩公约》规定缔约方大会应不断审查和评价公约的实施情况。它应履行公约为其指定的各项职责，并应为此目的：(a)设立它认为实施公约所必需的附属机构；(b)酌情与具有资格的国际组织以及政府间组织和非政府组织开展合作；(c)定期审查根据第15条向缔约方提供的所有资料；(d)考虑并采取为实现本公约各项目标可能需要的任何其他行动。

缔约方大会第一次会议于2005年5月召开，大会通过的议事规则决定，缔约方大会的第二次和第三次常会应每举行，此后的常会应每两年举行一次。截至2015年5月31日，缔约方大会共召开了七次会议，并通过了192项决议，决议内容涉及缔约方大会议事规则、新POPs增列、资金机制、遵约机制、成效评估、国际合作与协调等和公约实施密切相关的各项议题，以推动《斯德哥尔摩公约》的履约进程。

公约秘书处：

《斯德哥尔摩公约》规定秘书处的职能为：(a)为缔约方大会及其附属机构的会议作出安排并为之提供所需的服务；(b)根据要求，为协助缔约方，特别是发展中国家缔约方和经济转型国家缔约方实施本公约提供便利；(c)确保与其他有关国际组织的秘书处进行必要的协调；(d)基于按照第15条收到的信息以及其他可用信息，定期编制和向缔约方提供报告；(e)在缔约方大会的全面指导下，作出为有效履行其职能所需的行政和合同安排；()履行本公约所规定的其他秘书处职能以及缔约方大会可能为之确定的其他职能。

公约规定公约秘书处职能应由UNEP执行主任履行。根据缔约方大会第一次会议决议，公约秘书处的常驻地为瑞士的日内瓦。

公约附属机构：

POPs审查委员会：

根据公约规定，2005年缔约方大会第一次会议通过了POPs审查委员会的工作大纲，设立了POPs审查委员会。委员会的主要职责是根据公约第8条的规定，按一定的标准和程序，对缔约提出拟增列进公约附件A、B和/或C的化学品进行审查，并向缔约方大会提出增列建议和控制措施。2005年11月，POPs审查委员会召开了第一次会议。其后，委员会每年召开一次会议，截至2015年12月31日，委员会共召开11次会议。2005年以来，先后有18种(类)化学品进入审查程序，其中15种(类)化学品顺利通过了POPs审查委员会全部三段式审查程序，14种已提交并通过了缔约方大会的审议，被分别增列入公约附件A、B和/或C。

成效评估委员会：

成效评估委员会是为开展公约第16条规定的成效评估而设立的。213年，公约缔约方大会第六次会议决议通过了公约成效评估框架，其中包含成效评估委员会工作大纲，决定设立成效评估委员会。成效评估委员会的主要职责为负责审查秘书处汇编的与成效评估相关的信息和资料，对这些信息和资料进行评估，就《斯德哥尔摩公约》的成效得出结论，并向缔约方大会提供可能需要改进的建议。成效评估委员会各区域成员的提名由2015年5月召开的缔约方大会第七次会议决定。委员会将嗣后开展工作，并就公约第二次成效评估期相关情况向缔约方大会第八次会议汇报。